2005年
9月27日，厦门大学附属中山医院揭牌成立。
2006年
1月，学校聘请刘祖国教授为医学院第三任院长。
2月，获批肿瘤学、药物化学、药理学、内科学、外科学5个二级学科硕士学位授权点。
4月，福建省高校生物医学工程重点实验室获批建设，张其清任实验室主任。
6月，解放军175医院挂牌厦门大学附属东南医院、厦门眼科中心挂牌厦门大学附属厦门眼科中心。
2007年
3月，医学院作为厦门市唯一遗体接收单位，接收全市、全院首例遗体捐献，严格落实《福建省遗体和器官捐献条例》。
7月，厦门大学设立眼科研究所、器官移植研究所、消化疾病研究所。
10月，基础医学实验教学中心获评福建省实验教学示范中心。
11月，医学院增设眼视光学系、护理系；同年护理学本科专业获批设立并招生。
同年，学院开始招收临床医学硕士研究生。
2008年
7月，《人体解剖学》《病理学》获评省级精品课程。
2009年
7月，解放军南京军区福州总医院挂牌厦门大学附属东方医院。
10月，福建省眼科与视觉科学重点实验室获批建设，为学院首个省级重点实验室。
同年，学院开始招收生理学博士研究生。