2000年
3月，福建省学位委员会批复，同意中医学专业（海外成人高等教育本科）增列为医学学士学位授予专业。
2001年
9月，印尼实业家李文正捐资1000万元建设的医学院教学实验大楼“李文正楼”揭牌启用。
11月，厦门中山医院挂牌成为厦门大学医学院第一临床学院。
2002年
12月，学校敦聘张运院士为医学院第二任院长。
2003年
7月，学校获批生物医学工程一级学科硕士点。
12月，邵鹏飞任中共厦门大学医学院总支部委员会书记。
2004年
5月，学校批复医学院设立临床医学系、预防医学系、药学系、基础医学部。
7月，原海外教育学院中医系、生命科学学院抗癌研究中心整体划入医学院。